Pelayanan “Sekolah Minggu”(SM) didalam kontek SIB adalah satu pelayanan yang di tuju khas untuk melayani keperluan rohani anak-anak. SM sudah ujud awal-awal lagi waktu SIB mula-mula dilahirkan oleh mubaligh BEM.  Tetapi ianya mulai di terima sebagai satu pelayanan dalam SIB mulai pada tahun 1974. Kebaktian SM yang pertama diadakan di Tanah Baru, Lawas pada bulan Ogos 1960.

​

Dalam tahun 1969, Pdt. Keith dan Marion Baker bersama Juliana mulai membuat pelajaran untuk mengajar dalam pelayanan SM dan diajar masa “Sekolah Pelayan” dalam tahun 1970-an hingga 1980-an.

​

Pada tahun 1974, Pdt. Jennifer Russel (Pdt. Rasat Pengiran) dilantik menjadi Penyelaras pertama untuk pelayanan SM.  Pdt. Rasat telah mempersiapkan beberapa penyelia di beberapa daerah seperti berikut: Ngau Wan di Daerah Apoh/Tutoh; Livan Ajok di Daerah Belaga; Dianah Agong di Daerah Trusan; dan Dina di Daerah Limbang.

​

Sebelum Pdt. Rasat meninggalkan Malaysia pada bulan Februari 1981, Pastor Lilian Dawat mengambil alih pelayanannya sebagai Penyelaras. Dan pada tahun 1987, Pastor Lilian meninggalkan pelayanan ini untuk melanjutkan pendidikannya dan diambil alih oleh Pastor Linda Pang pada tahun 1987 hingga 1991.  Pastor Rebecca Ating  mejadi penyelaras dari 1990-1993, sebulum ke Thailand untuk menjadi “Missionary”, dan diambil alih oleh Pastor Henry Akup January 1993.

​

Nama Pelayanan Sekolah Minggu di gantikan kepada Pelayanan Pendidikan Kristen pada tahun 1991. Dengan tujuan i) supaya jangan hanya untuk kanak-kanak, tetapi ini merangkumi orang dewasa dan “Lay man”, ii) memberi dorongan kepada Sidang-sidang,  iii) untuk mengadakan Taska.  Ini merupakan satu visi yang baik, tetapi oleh kerana banyak kekurangan dan lebih lagi tenaga manusia kita yang kurang.

 

 Dan pada tahun 1996 Pelanyanan Pendidikan Kristen di tukar menjadi Pelayanan Kanak-kanak, dengan tujuan lebih tertumpuh kepada anak-anak sahaja.